Il cortile del complesso edilizio della chiesa della Antivouniotissa è uno spazio recintato che si trova tra l'edificio principale della chiesa ed il fabbricato a due piani che lo delimita a est. I lati nord e sud sono tracciati dagli alti muri che prolungano le pareti dei narteci e definiscono quindi l'area di pertinenza della chiesa ed il confine stesso della proprietà.Nella parte nord della corte si eleva il campanile, una possente costruzione in stile molto sobrio e totalmente priva di elementi decorativi; si tratta in efetti di un campanile a vela, formato dall'innalzamento della struttura muraria che nelle parti superiori si presenta traforata. Questo tipo di campanile, molto comune nelle Isole Ionie, è suddiviso in tre parti dalla presenza di due cornici lapidee; nella parte basale del campanile, ossia quella inferiore che fa corpo unico con il muro perimetrale, si apre una porta che dalla via Prosforou consente l'accesso al complesso edilizio. Le due porzioni superiori sono aleggerite da gradevoli aperture ad arco alte e strette, che ospitano le campane: un'apertura a bifora con colonnetta lapidea centrale nella parte mediana ed un'apertura unica nella parte superiore. L'eleganza del campanile, pur nel suo aspetto robusto, è dovuta al graduale alleggerimento dei volumi verso l'alto, realizzato con il restringimento delle dimensioni man mano che la costruzione progredisce verticalmente, ed alla forma svasata riequilibratrice che assume la muratura per la presenza di modiglioni a volute (che ricordano quelli dell'iconostasi, ved. pag. 174) nel punto in cui la fascia intermedia, più larga, si congiunge con quella superiore, più slanciata.
Dalla corte si notano i volumi sporgenti delle tre conche della chiesa: absidale, della Prothesis e del Diakonikòn. Le due porte che si aprono nel muro occidentale del nartece nord e del nartece sud, consentono di entrare nella chiesa e di fare il giro del complesso. Nella corte, le piante del giardinetto e i sedili di pietra, insieme all'armonia dei volumi e dei colori delle abitazioni circostanti, contribuiscono a creare un ambiente vivificante eparticolarmente piacevole, ove i visitatori possono godere della pace e della magica atmosfera del centro storico di Corfù. Durante i mesi estivi vi vengono organizzate varie manifestazioni culturali, sovente concerti di musica classica che ben si intonano allo spirito della chiesa - museo e che sono sempre particolarmente seguiti dal pubblico musicofilo dell'isola.
Afacciata nella corte troviamo anche un'altra costruzione, nota come la "Cella", un edificio a due piani che era adibito a dimora del sacerdote. Una scala esterna di pietra raggiunge una graziosa loggia coperta da una tettoia, il prolungamento del tetto a due falde della Cella, sostenuta da cinque basse colonnette a sezione quadrata. Questo tipo di loggia coperta, chiamato bogio nel dialetto corfiota, è l'elemento architettonico più caratteristico delle campagne, così come è molto difusa in abitazioni dell'Italia settentrionale e centrale. Al di sotto della scala si trova uno spazio corrispondente a tutta la sua larghezza, con una copertura a volta la cui arcata presenta sostegni a forma di teste di leone; questo spazio sotto la scala ospita una tomba, sulla quale ricaviamo importanti notizie da un antico testamento datato 20 marzo 1579, redatto dal notaio Nikolaos Metaxas e conservato nell'archivio di Corfù (atto notarile M, Foglio.199, pag. 77). Da questo documento apprendiamo che la signora Syriga Rizikari, figlia di Georgios Theotokis, voleva essere sepolta nella tomba (chiamata 'ciborio' nel testo del testamento) dei genitori del marito, il signor Dimitrios Rizikaris, situata nel cortile della chiesa della Antivouniotissa, e desiderava che sulla sepoltura venisse dipinta una rap- presentazione della Dormizione della Vergine, desiderio che fu soddisfatto, poiché nella tomba c'è efettivamente una pittura muraria con questa rafgurazione, datata per le sue caratteristiche stilistiche alla fine del XVI secolo. Da questo documento si può, quindi, desumere che nel 1579 la tomba esisteva già ed apparteneva ai Rizikaris, una delle più antiche famiglie che furono proprietarie della chiesa della Antivouniotissa.
Dopo la donazione del complesso della chiesa della Antivouniotissa allo stato greco e la sua trasformazione in museo, nel 1984, al primo piano della Cella venne ospitato un piccolo laboratorio di restauro delle icone, men- tre al piano terra dal 1992 fu installata la sede di Corfù dell'8a Soprintendenza alle Antichità Bizantine, che nel 1995 fu trasferita alla Fortezza Vecchia, dove attualmente è ospitata la sede della 21a Soprintendenza alle Antichità Bizantine, alla cui giurisdizione amministrativa appartiene anche il Museo della Antivouniotissa. Fu allora che ebbero inizio gli interventi per trasformare la Cella in un ulteriore spazio espositivo. Un finanziamento finalizzato a questo obiettivo venne assicurato dal II Quadro comunitario di sostegno dell'Unione Europea, mentre lo studio e la realizzazione del progetto vennero attuati dall'Ufcio per le Antichità bizantine di Corfù. Il primo piano è stato trasformato in spazio espositivo - sacrestia, a seguito del completamento dei lavori di consolidamento delle strutture portanti, dei pavimenti, della copertura e del rifacimento dell'impianto elettrico, mentre al piano terra è stato allestito il punto vendita del museo e sono stati realizzati i locali di servizio. Tutti gli utensili sacri, i vangeli ed un campione rappresentativo dei paramenti sacri della collezione della chiesa sono stati restaurati. Le vetrine espositive degli oggetti sono state realizzate secondo gli standard più moderni, impiegando materiali quali seta pura, colori epossidici neutri e fibre ottiche per l'illuminazione dello spazio espositivo.
La principale preoccupazione del progetto museografico era di fare in modo che l'ambiente rispettasse lo spirito della sacrestia, che nelle Isole Ionie e in particolare a Corfù si è evoluto nel periodo postbizantino in luogo di conservazione degli utensili e arredi sacri, dei paramenti e delle guarnizioni liturgiche, delle icone e di altri preziosi oggetti cultuali. A tal fine, nella parete nord è stata realizzata una conca che ricorda l'abside, afiancata da due vetrine, e questi spazi sono stati destinati all'esposizione degli oggetti sacri direttamente legati all'altare e al Presbiterio. Tra i manufatti esposti nella sacrestia vi sono vangeli e calici, vere opere eccelse dell'arte orafa locale, e poi paramenti sacri, veli liturgici, un Epitàfios ricamato in oro e l'antimension di Caterina la Grande, zarina di Russia, che reca la firma di Nikiforos Theotokis.Sono, infine, esposte le icone portatili rappresentative dei vari stili che hanno caratterizzato la pittura religiosa delle Isole Ionie nel periodo post-bizantino. Con l'inaugurazione dello spazio espositivo della sacrestia, avvenuta nell'agosto del 2000, è stato portato a compimento il progetto espositivo del complesso museale della Antivouniotissa.
